南京农业大学图书馆是由原金陵大学图书馆、中央大学图书馆的部份人员和书刊合并建设而成。图书馆实行总馆分馆制，总馆（卫岗校区图书馆）下设浦口分馆（浦口区点将台路40号）、社科分馆（逸夫楼5079、6003室）、畜牧兽医分馆（逸夫楼2032～2034室）、农业遗产分馆（逸夫楼6011室）。总建筑面积3.24万平方米。设有阅览座位4470席，实际在用有线网络信息点1020个，无线网络全覆盖。现有馆藏纸质书刊235.4万册，电子图书1500余万册，电子西文期刊13800种，电子中文期刊15200种，国内外数据库120种，自建特色数据库6个。图书馆建有1902信息共享空间、单人耘诗书画展览室、多媒体学习室等服务设施，每周开放101小时，年接待读者近220万人次，年纸本流通总量约50万册。图书流通采用汇文文献信息服务系统，并与校园一卡通系统接轨，读者可使用校园卡在馆内通过门禁、接受服务、自助缴费、自助充值等。    

图书馆、图书与信息中心合署办公，不仅是学校的文献资源中心，同时还是校园信息化中心、现代教育技术中心，负责全校校园信息化的规划、建设、管理与服务工作；是中国高等教育学会教育信息化分会理事单位，中国教育技术协会高等农业院校分会理事长、秘书长单位，中国农学会农业图书馆分会、科技情报分会常务理事单位，江苏省图书馆学会常务理事单位，江苏省高等院校教育技术研究会常务理事单位；是教育部查新检索单位，江苏省高校农学文献中心，江苏省高校教育技术培训基地，江苏省党员干部远程教育教学资源建设基地。

学校中心馆设有办公室、读者服务部、特藏部、文献资源建设部、研究支持部、策划推广部、教育技术部、网络运营部、用户服务部、信息应用部、信息化管理办公室，常年开展书刊借阅、电子阅览、电子书刊借阅、自助打印复印、书目信息查询、读者信息查询、读者培训、参考咨询、科技查新、文献传递、重点学科导航、校园网接入与管理、校园网和图书馆网站建设、教学视频资源库建设与管理、电视教学片摄制、多媒体课件制作等服务工作。

图书馆与南京航空航天大学图书馆、南京理工大学图书馆、南京林业大学图书馆、南京体育学院图书馆共同建设成立了南京城东高校图书馆联合体，通过统一的图书资源检索平台，实现了纸本图书通借通还，电子图书共知共享。

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