免费网站查重与知网查重结果差异显著，主要原因在于以下几个方面：

一、数据库资源的差异

知网：拥有庞大的中文文献资源数据库，包括期刊论文、博士论文、会议论文、本科学位论文等多种类型的文献资源。这些资源为查重提供了坚实的基础，使得知网能够检测出更多的相似或重复内容。

免费查重网站：数据库资源相对较少，主要来源于网络。因此，其查重范围有限，可能无法涵盖知网数据库中的全部内容。

二、查重算法的不同

知网：采用了先进的查重算法，能够准确识别出文本中的相似或重复部分，并给出详细的查重报告。

免费查重网站：可能采用与知网不同的查重算法，导致查重结果存在偏差。此外，部分免费查重网站的算法可能不够先进，无法准确识别出所有相似或重复内容。

三、查重结果的详细程度

知网：查重完成后，会生成一份详细的报告，列出相似或重复的内容，并指出这些内容在原文中的位置。这种详细的报告有助于用户快速定位并修改重复内容。

免费查重网站：虽然也提供查重报告，但报告的详细程度往往不如知网。一些免费查重系统可能只提供全文的查重率，而不列出具体相似或重复的内容及其位置。

四、使用范围与认可度的不同

知网：许多高校和研究机构将知网查重作为评价学术论文原创性的标准工具。因此，在学术领域，知网查重具有广泛的使用范围和认可度。

免费查重网站：虽然也提供查重服务，但由于其查重结果的可靠性和数据库的丰富程度等方面存在不足，因此在学术领域的认可度和使用范围相对有限。

综上所述，免费网站查重与知网查重结果差异显著的原因主要在于数据库资源的差异、查重算法的不同、查重结果的详细程度以及使用范围与认可度的不同。因此，在选择查重系统时，用户应根据自己的需求和实际情况进行选择。对于需要高度准确性的学术论文查重，建议使用知网等付费查重系统。