如果硕士毕业论文被抄袭，可以采取以下措施来处理：

一、立即采取行动

一旦发现毕业论文被抄袭，应立即采取行动，以防止抄袭行为进一步扩散或造成更大的损害。可以向学校或相关机构报告此事，并提供足够的证据来证明抄袭行为的存在。

二、收集证据

在采取行动之前，需要收集足够的证据来证明抄袭行为。这些证据可以包括：

抄袭的论文或其部分内容；

查重报告，显示抄袭部分与原文之间的相似度；

任何与抄袭者相关的通信记录或证据，如电子邮件、聊天记录等；

其他能够证明抄袭行为的证据。

三、向学校或相关机构报告

收集到足够的证据后，应向学校或相关机构报告此事。报告时，应提供详细的抄袭情况说明和所收集的证据。学校或相关机构将会启动调查程序，对抄袭行为进行调查核实。

四、配合调查

在调查过程中，应积极配合学校或相关机构的调查工作。这可能包括提供额外的证据、回答调查人员的问题或参加听证会等。通过积极配合调查，可以加快调查进程，并确保调查结果的公正性和准确性。

五、寻求法律途径（如需要）

如果抄袭行为严重，且学校或相关机构的处理结果不满意，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括向相关监管部门举报或提起民事诉讼等。但在采取法律途径之前，应咨询专业律师的意见，以确保自己的行动合法合规。

六、加强预防措施

为了防止类似事件再次发生，应加强预防措施。这包括：

在撰写论文时，注重原创性和创新性，避免过度依赖他人的观点和研究成果；

在提交论文前，使用可靠的查重系统进行自查，确保论文的相似度在合理范围内；

谨慎选择查重网站和服务商，避免将论文上传至不可靠的平台或泄露给不可信的人。

综上所述，处理硕士毕业论文被抄袭的问题需要立即采取行动、收集证据、向学校或相关机构报告、配合调查、寻求法律途径（如需要）以及加强预防措施等多个方面的努力。通过这些措施的实施，可以有效地维护自己的学术权益和声誉。