硕士毕业论文查重是否会去除自己的论文，主要取决于所使用的查重系统以及学校的具体要求。

在已知的查重系统中，中国知网查重系统具有“去除本人已发表的论文”的功能。只要学生在进行论文查重时，勾选该选项，并且满足以下前提条件：该论文已由学生本人发表、被知网收录，且著作权归学生所有，检测系统就会自动排除学生本人已发表的论文。这样，在查重结果中，这部分内容通常不会被计入重复率。

然而，值得注意的是，并非所有学校都认可这一做法。有的学校可能规定，即使论文是自己发表的，也不能在硕士毕业论文中直接引用，或者在引用时需要按照特定的格式进行标注。此外，除了知网外，其他查重系统如万方、维普等，可能并不具备“去除本人已发表的论文”的功能。

因此，建议在进行硕士毕业论文查重前，学生应首先了解学校对于查重的具体要求，以及所选查重系统的功能特点。如果学校认可知网查重的“去除本人已发表的论文”功能，并且学生确实有需要去除的已发表论文，那么可以选择使用知网查重系统，并正确勾选相关选项。如果学校不认可这一功能或者使用的不是知网查重系统，那么学生就需要在撰写论文时更加注重学术诚信，避免抄袭或过度引用他人成果，以确保论文的原创性和学术价值。