论文查重系统在维护学术诚信方面发挥着重要作用，但其局限性也显而易见，主要体现在以下几个方面：

一、技术局限性

检测范围有限：

查重系统主要对文字部分进行检测，对于图表、公式等非文字内容的检测效果较差。如果抄袭者巧妙地将文字内容转化为图表或公式，查重系统可能难以察觉。

查重系统对于抄袭内容的加工和变换有一定的识别难度。例如，改变文字表达方式、调整句子结构或替换同义词等方式进行的抄袭，可能成功避开查重系统的检测。

数据库更新滞后：

数据库的更新速度无法完全跟上学术成果的产出速度，一些最新的学术成果可能尚未被纳入数据库，导致查重系统无法检测出对这些最新成果的抄袭。

数据库的全面性和质量也是影响查重效果的重要因素。如果数据库不够全面，或者收录的文献质量不高，那么查重结果的准确性就会大打折扣。

二、应用局限性

误判和漏判：

查重系统主要是基于关键词和句子的匹配程度来判断论文是否相似，因此有时会出现误判的情况。例如，两篇论文可能都引用了同一篇参考文献，或者使用了相似的专业术语和表达方式，这可能导致查重系统错误地认为它们存在抄袭关系。

一些抄袭行为可能比较隐秘，或者抄袭者采用了更为巧妙的手段来避免被检测，这也可能导致查重系统出现漏判的情况。

无法检测非文字形式的学术不端行为：

查重系统无法有效应对造假、他人代写、不当署名等学术不端行为。这些行为虽然同样严重损害了学术诚信，但由于不涉及文字内容的直接复制粘贴，因此难以通过查重系统来检测。

三、操作局限性

不同系统结果差异：

不同的查重系统可能采用不同的算法和数据库，因此即使是同一篇论文，在不同的查重系统中进行检测，也可能会得出不同的重复率结果。

人为因素影响：

在提交论文进行查重之前，如果作者对论文进行了过度的修改或删减，以试图降低重复率，那么查重结果就可能无法真实反映论文的实际情况。

四、其他局限性

无法检测论文的学术价值和创新性：

重复率只是论文与数据库中文献相似程度的量化指标，它并不能反映论文的学术质量、创新性或学术价值。因此，不能简单地将重复率作为判断论文学术不端程度的唯一标准。

无法替代人工评审：

尽管查重系统可以快速高效地检测出论文中的相似部分，但它无法对论文的整体质量、学术价值和创新性进行准确评估。因此，在论文评审过程中，还需要结合人工评审的方式，对论文进行全面、深入的审查和评价。

综上所述，论文查重系统在一定程度上确实有助于维护学术诚信，但其局限性也不容忽视。为了更全面地保障学术诚信，学术界需要采取多种手段和方法来共同应对学术不端行为。